传说在几百年前，人类为了自己的利益，将宠物小精灵当做兵器而发动战争，而勇者和路卡利奥用了世界初始之树的力量，平息了这场战争。几百年后，小智一行人来到了欧德兰城里，参加了一年一度纪念勇者的比赛，得到波导的勇者封号。这时城堡举行了盛大的欢迎仪式和舞会，就在这个时候梦梦突然出现了，并且把比卡超给带走了。而此时路卡利奥也从封印中解出来了，小智等人为了要救比卡超，于是前往世界初始之树，到底梦梦的目的是什么呢？到底小智等人有办法将这场危机解除吗？史上最壮观的宠物小精灵冒险即将展开！